В конце мая в Пензе большевики отправили для разоружения частей Корпуса отряд мадьяр. Это страшно оскорбило национальную гордость чехов, и они потребовали беспрепятственного пропуска эшелонов на восток. В ответ на неподчинение большевики открыли по поездам артиллерийский огонь. 29 мая чехословаки взяли Пензу и. продержав город в своей власти три дня, ушли на восток. В тот же день достигли Сызрани, заняли вокзал, арсеналы, артиллерию, разоружили Красную гвардию и остановились в 70 верстах от Самары. Такой ход событий вызвал у большевиков страшную панику. С этого момента каждый "товарищ", явившийся в Клуб коммунистов, уже не имел права, согласно решению Штаба, уходить из него. С учетом мобилизации 3,5 тыс. большевиков «под ружье» могло встать более десяти тысяч. Силы чехов оценивались от 5 до 7 тысяч. Штаб большевиков выдвинул чешскому командованию ультиматум: пропуск через Самару эшелонов Корпуса возможен только при условии сдачи оружия. 2 июня чехи взяли Иващенково (Чапаевск) и Безенчук. Установив связь с самарским подпольем, они начали готовиться к штурму города, подробный план которого был составлен полковником Галкиным.

Той же ночью весь золотой запас, хранившийся в Самаре (ок. 57,5 млн. золотыми монетами и 30 млн. ассигнациями), вывезли на теплоходе в Казань. Из них главком Яковлев и председатель ревкома Куйбышев взяли себе 10 миллионов на "расходы по защите Советской власти". Но истратить все не успели — после их бегства на квартирах нашли крупные суммы.

Настроение большевиков сильно испортилось после сражения у станции Липяги, во время которого погибло больше тысячи красногвардейцев и множество утонуло, спасаясь бегством, в реке Татьянке. На следующий день произошло событие, которое долго скрывали советские историки: руководство Штаба обороны во главе с Куйбышевым бежало из города на пароходе Фельдмаршал Суворов, не предупредив своих товарищей. Через много лет, уже будучи председателем Госплана СССР, Валерьян Куйбышев мельком обронит: "Мне едва удалось уйти из Самары, меня пулеметами обстреливали, меня хотели схватить, рядом со мной рвались снаряды чехов. Уйти все-таки удалось. Ушел не один, ушел с руководящей группой большевиков". Из Симбирска кому-то пришло в голову позвонить по прямому проводу в Самару. Трубку взял "товарищ Теплов". Выяснилось, что город до сих пор в руках красных. Чехи не наступают, не зная, что в Самаре остался лишь небольшой отряд во главе с Масленниковым. Устыженные «руководящие работники» 7-го утром прибыли обратно. Оценив обстановку, Куйбышев вернулся на судно и отчалил в Симбирск. Ночью в город прибыло последнее подкрепление, заменившее лежавших третьи сутки в окопах красноармейцев.